1874年，日军3600人共分三批出发，4月27日“有功丸”
搭乘日本新任驻厦门领事福岛九成驶往厦门，5春”
、“三邦丸”
、“明光丸”
开往台湾社寮港；
5月18日西乡从道以“高砂丸”
为旗舰，率兵开往台湾。
5月21日日军沿四重溪搜索遭到高山族人攻击，22日爆发“石门之役”
。
当日西乡从道率舰队抵达社寮港，随即展开攻击。
这场战役中，高山族人伤亡者合计达70余名之多，牡丹社酋长父子战死。
日军伤亡者有20余名。
6月1日日军发动“牡丹社之役”
，出兵分三路围剿高山族人。
6月5日，日军攻破牡丹社，并焚毁多社。
但高山族进行顽强抵抗，时常从山中出来袭击。
日军防不胜防，终不能胜，只得退守龟山，在这里建造都督府，设医院，修桥梁，筑道路，开荒屯田，作长久之计。
时日军中疟疾流行，2000多人患病，500多人病死，日军处于进退两难的境地。
而清政府不但对日本侵台消息得的晚，而且知道情况后反应迟钝，措施不力。
中国开始对日本的侵略行动一无所知，最先告诉中国消息的还是英国驻华公使威妥玛，后北洋大臣李鸿章、南洋大臣李宗羲均咨报日本兴兵赴台湾各节。
总理衙门采取如下对策，“除由臣衙门照会该国外务省切实诘问外，臣等公同悉心商酌，此时该国动兵与否，尚未明言，固未便操之过急，而事必期于有备，患当杜于方萌，应如何按约据理，相机辩阻，及如何先事筹备，……拟请钦派开望素着、熟悉洋情之大员，带领轮船，前往台湾生番一带，察看情形，妥筹办理。”
而上谕云：“生番地方，本系中国辖境，岂容日本窥伺该处情形如何，必须详细查看，妥筹布置，以期有备无患。
……着派沈葆桢带领轮船兵弁，以巡阅为名，前往台湾生番一带察看，不动声色，相机筹办。”
人家已经打上门来了，朝廷还担心“操之过急”
，不过“诘问”
而已，并拟“按约据理”
、“相机辩阻”
，“察看情形”
、“相机筹办”
，明显措施不足。
中国官员对日军的行动进行了有力的批驳。
5月3日，福岛九成在厦门会见知府李钟霖，递交了西乡从道致闽浙总督李鹤年的照会。
照会一心掩饰侵略，将侵犯刚签订《修好条规》不久的与约国，说成是稍示惩罚生番，竟然还恬不知耻地要求中国地方政府将躲藏的生番抓住交给日本兵，日本人之虚伪和狡猾可见一斑。
5月11日，闽浙总督李鹤年复函西乡从道，内称：“本部堂查台湾全地久隶我国版图，……贵国政府并未与总理衙门商允作何办理，径行命将统兵前往，既与万国公法违背，亦与同治十年所换和约内第一、第三两条不合。
……琉球岛，即我属国中山国疆土，该国世守外藩，甚为恭顺，本部堂一视同仁，已严檄该地方官，责成生番头人，赶紧勒限交出首凶议抵。